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Il monitoraggio rappresenta un'importante funzione per l'efficace e regolare attuazione del Por, in quanto assicura le condizioni fondamentali per la gestione, sorveglianza, la valutazione e il controllo dello stesso.
In applicazione dell'articolo 60, sub c), del Regolamento (CE) n. 1083/2006, spetta all'Autorità di Gestione del Programma garantire l'esistenza di un sistema informatizzato di monitoraggio finalizzato alla registrazione e conservazione dei dati contabili relativi a ciascuna operazione svolta nell'ambito del Por, nonché per la raccolta dei dati relativi all'attuazione, necessari per la gestione finanziaria, la sorveglianza, le verifiche, gli audit e la valutazione.

Il Sistema di monitoraggio raccoglie e archivia dati fisici, finanziari e procedurali relativi a ciascun progetto realizzato nell'ambito del Por. Inoltre, raccoglie le informazioni riguardanti gli indicatori di realizzazione e di risultato del Programma in relazione agli obiettivi specifici degli Assi prioritari.
Tali informazioni permettono di accertare che l'evoluzione del Programma Operativo sia coerente con le previsioni effettuate in fase di programmazione, nonché di apportare eventuali correttivi qualora, in fase di attuazione, emergessero delle criticità.

L'Autorità di Gestione riceve informaticamente, con cadenza bimestrale, dai Beneficiari e dagli Organismi Intermedi i dati finanziari, procedurali e fisici validati, relativi all'avanzamento del Programma. I dati acquisiti dall'Autorità di Gestione vengono, poi, sottoposti a un controllo tecnico finalizzato ad assicurare la conformità dei dati monitorati.

L'Autorità di Gestione, sempre con cadenza bimestrale, trasmette i dati validati al Sistema Nazionale di Monitoraggio (Ministero dell'Economia e delle Finanze – IGRUE) che, a sua volta, provvede a renderli disponibili per la Commissione Europea.