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Il Por-Fesr è articolato su cinque priorità strategiche di intervento, chiamate assi, aventi i seguenti obiettivi e dotazioni finanziarie:

• asse 1 - Innovazione e competitività: promuovere l'innovazione e  la crescita della base produttiva, attraverso il rafforzamento delle capacità regionali in materia di Ricerca e Sviluppo (R&S), il miglioramento delle capacità di assorbimento di R&S delle imprese, incoraggiando imprenditorialità e innovazione e migliorando le condizioni di contesto operativo delle Piccolle medie imprese (301 milioni di euro)
• asse 2 - Energia: stimolare la produzione di energia da fonti rinnovabili e l'efficienza energetica (oltre 28 milioni di euro)
• asse 3 - Sviluppo urbano - migliorare l'accessibilità, l'attrattività e la coesione sociale delle città (oltre 122 milioni di euro)
• asse 4 - Valorizzazione delle risorse naturali e culturali: migliorare l'attrattività del territorio regionale attraverso la valorizzazione delle risorse naturali e culturali (58 milioni di euro)
• asse 5 - Assistenza tecnica: garantire l'efficiente programmazione ed implementazione del Programma (oltre 20 milioni di euro), da attuarsi attraverso le attività di assistenza, sorveglianza, monitoraggio, controllo, valutazione, informazione e comunicazione, acquisizione e trasferimento di competenze.