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L'Autorità di Gestione è responsabile della gestione e dell'attuazione del Programma Operativo conformemente al principio della sana gestione finanziaria. In particolare, l'Autorità di Gestione è tenuta allo svolgimento delle seguenti funzioni (articolo 60 del Regolamento del Consiglio (CE) n.1083/2006):

• garantire che le operazioni destinate a beneficiare di un finanziamento siano selezionate conformemente ai criteri applicabili al Programma Operativo e siano conformi alle norme comunitarie e nazionali applicabili per l'intero periodo di attuazione
• verificare che i prodotti e i servizi cofinanziati siano forniti e l'effettiva esecuzione delle spese dichiarate dai beneficiari in relazione alle operazioni, nonché la conformità di tali spese alle norme comunitarie e nazionali; possono essere effettuate verifiche in loco di singole operazioni su base campionaria conformemente alle modalità di applicazione che devono essere adottate dalla Commissione secondo la procedura di cui all'articolo 103, paragrafo 3 del Regolamento del Consiglio (CE) n.1083/2006
• garantire l'esistenza di un sistema informatizzato di registrazione e conservazione dei dati contabili relativi a ciascuna operazione svolta nell'ambito del programma operativo, nonché la raccolta dei dati relativi all'attuazione necessari per la gestione finanziaria, la sorveglianza, le verifiche, gli audit e la valutazione
• garantire che i beneficiari e gli altri organismi coinvolti nell'attuazione delle operazioni mantengano un sistema di contabilità separata o una codificazione contabile adeguata per tutte le transazioni relative all'operazione, ferme restando le norme contabili nazionali
• garantire che le valutazioni dei Programmi Operativi siano svolte in conformità dell'articolo 47 del Regolamento del Consiglio  (CE) n.1083/2006
• stabilire procedure per far sì che tutti i documenti relativi alle spese e agli audit necessari per garantire una pista di controllo adeguata siano conservati secondo quanto disposto dall'articolo 90 del Regolamento del Consiglio (CE) n.1083/2006
• garantire che l'Autorità di Certificazione riceva tutte le informazioni necessarie in merito alle procedure e verifiche eseguite in relazione alle spese ai fini della certificazione
• guidare i lavori del Comitato di Sorveglianza e trasmettergli i documenti per consentire una sorveglianza qualitativa dell'attuazione del Programma Operativo, tenuto conto dei suoi obiettivi specifici
• elaborare e presentare alla Commissione, previa approvazione del Comitato di Sorveglianza, i rapporti annuali e finali di esecuzione
• garantire il rispetto degli obblighi in materia di informazione e pubblicità previsti all'articolo 69 del Regolamento del Consiglio (CE) n.1083/2006
• trasmettere alla Commissione le informazioni che le consentano di valutare i grandi progetti.