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L'Autorità Ambientale assolve la funzione di garantire l'integrazione ambientale e di rafforzare l'orientamento allo sviluppo sostenibile in tutte le fasi di predisposizione, attuazione e sorveglianza del Programma operativo, assicurando efficacia e continuità al processo di valutazione ambientale strategica, anche attraverso il monitoraggio e la gestione di eventuali meccanismi di retroazione sul Programma stesso.

All'Autorità ambientale sono riservate le seguenti attribuzioni:

• promuovere e verificare l'integrazione della componente ambientale in tutti i settori d'azione dei Fondi comunitari, affinché sia assicurata la coerenza delle strategie e degli interventi proposti dai documenti di programmazione ai principi dello sviluppo sostenibile, in conformità agli Orientamenti Strategici Comunitari ed al Quadro Strategico Nazionale, nonché il rispetto della normativa comunitaria e nazionale in materia ambientale
prestare la sua collaborazione all'Autorità di Gestione, nonché a tutte le strutture interessate, potendosi avvalere, a seconda delle necessità, del supporto di specifiche figure professionali
• cooperare con le strutture competenti nella predisposizione dei documenti di programmazione e nella redazione dei successivi atti attuativi, nonché durante l'intera fase di attuazione, monitoraggio e valutazione dei programmi
• collaborare, per gli aspetti di propria competenza, con le Autorità di programmazione e gestione dei piani o programmi cofinanziati da Fondi comunitari nell’applicazione della Direttiva 2001/42/CE (afferente la Valutazione Ambientale Strategica - VAS).

L'Autorità ambientale partecipa ai lavori dei Comitati di sorveglianza e a quelli della rete nazionale delle Autorità ambientali.