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In attuazione dell'articolo 59, comma 1, del Regolamento (CE) del Consiglio n. 1083/2006, il Programma Operativo Fesr della Liguria individua tre Autorità al fine di garantire l'efficace e corretta attuazione del Programma ed il corretto funzionamento del sistema di gestione e controllo: l'Autorità di Gestione, l'Autorità di Certificazione e l'Autorità di Audit.

Il Por Liguria  prevede, inoltre, la partecipazione dell'Autorità Ambientale avente la funzione di collaborare, per gli aspetti di propria competenza, con le Autorità di Programmazione e di Gestione degli interventi.

• l'Autorità di Gestione è responsabile della gestione dell'attuazione del programma Operativo conformemente al principio di buona e sana gestione amministrativa e finanziaria. Questa funzione spetta al Dirigente pro - tempore del Settore "Competitività e Innovazione del Sistema Produttivo" collocata presso il Dipartimento "Sviluppo Economico" della Regione Liguria.
• l'Autorità di Certificazione è responsabile della corretta certificazione delle spese liquidate sui fondi comunitari e statali per l'attuazione del Programma. Questa funzione è attribuita al Dirigente pro - tempore della Struttura "Staff di Dipartimento e Affari Giuridici del Dipartimento" collocata presso il Dipartimento "Sviluppo Economico" della Regione Liguria.
• l'Autorità di Audit è responsabile della verifica dell'efficace funzionamento del sistema di gestione e di controllo. Questa funzione è attribuita al Dirigente pro - tempore del "Servizio controlli comunitari, Audit e Verifiche" collocata presso la Direzione Centrale "Risorse strumentali, finanziarie e controlli" della Regione Liguria.
• l'Autorità Ambientale assolve la funzione di garantire l'integrazione ambientale e di rafforzare l’orientamento allo sviluppo sostenibile in tutte le fasi di predisposizione, attuazione e sorveglianza del Programma Operativo, assicurando efficacia e continuità al processo di valutazione ambientale strategica, anche attraverso il monitoraggio e la gestione di eventuali meccanismi di retroazione sul Programma stesso. Questa funzione è attribuita al Direttore Generale pro - tempore del Dipartimento "Ambiente" della Regione Liguria.