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Nel dicembre 2006 si è concluso il periodo di programmazione dei Fondi strutturali 2000-2006. La Commissione Europea, gli stati membri e le regioni si preparano al nuovo periodo di programmazione 2007-2013. I programmi di Iniziativa comunitaria Interreg, per quanto riguarda la cooperazione territoriale europea, rappresentano il punto di avvio per intraprendere nuovi e migliori percorsi di cooperazione per il futuro.

Il nuovo Regolamento generale del Consiglio n.1083/2006 dell'11 Luglio 2006, che sostituisce il Regolamento 1260/99, stabilisce che, data l'importanza che assume nello sviluppo delle regioni dell'Unione Europea, a partire dal 2007 la cooperazione territoriale cambia status: da Programma di iniziativa comunitaria, Interreg diventa Programma obiettivo, Obiettivo 3, complementare rispetto a Obiettivo 1, Convergenza, e Obiettivo 2, Competitività e occupazione.

Per il periodo di programmazione 2007–2013, nell'ambito dell'Obiettivo 3 Cooperazione territoriale, la Regione Liguria partecipa a sette programmi (cooperazione transfrontaliera, transnazionale, interregionale e di vicinato).