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I Fondi tematici dell'Unione Europea sono fondi a gestione diretta e promuovono partnership transfrontaliere, contribuendo quindi alla diffusione delle migliori esperienze, all'integrazione europea e alla coesione territoriale oltre che economica e sociale.

È decisamente importante che sempre più risorse vengano coordinate e gestite attraverso questi canali, che rappresentano una vera e propria innovazione. La loro gestione è affidata a diverse Direzioni Generali della Commissione.

I Fondi tematici hanno tra le loro priorità l'innovazione, che è al centro di gran parte della politica regionale europea ed è a sua volta l'elemento portante della Strategia di Lisbona. La Strategia di Lisbona coinvolge diversi aspetti della società e dell'economia con molteplici obiettivi, tra i quali la programmazione del territorio, intesa come competenza diffusa tra più soggetti e istituzioni. All'interno di questa programmazione si inserisce sia la gestione indiretta dei Fondi comunitari, ovvero i Fondi Strutturali, che la gestione diretta, ovvero i Fondi Tematici. Per questi ultimi è particolarmente richiesto agli Stati membri, alle Regioni, alle istituzioni locali e alle organizzazioni presenti sul territorio una grande progettualità e una forte capacità di fare sistema.